Тонзиллэктомия может временно снизить иммунный ответ, так как миндалины являются частью лимфатической системы. Однако большинство людей адаптируются, и другие компоненты иммунной системы компенсируют эту потерю. Исследования показывают, что после удаления миндалин многие пациенты отмечают меньшее количество инфекций верхних дыхательных путей.